LAMP法 設計支援ソフトウェア:PrimerExplorer Loop-Mediated Isothermal Amplification ホーム
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栄研化学株式会社
PrimerExplorerV3 操作説明
【1】はじめに (動作環境)
【2】各画面の操作通常プライマーの設計ループプライマーの設計
【3】付録
【4】PrimerExplorerV3 主なバージョンアップ内容
【5】LAMP法プライマー設計の手引き PrimerExplorerV3 [PDF(1.7MB)]
PrimerExplorerの動作環境・注意事項
本ソフトウェアをご使用になる際には、
WebブラウザのJavaTMおよびJava Scriptの機能をONにしてください。


プライマー設計中に、同時に並行して他のプライマー設計はできません。
複数のプライマー設計ソフトを同時に起動する
(例えば「PrimerExplorerV3」でプライマー設計中に、他のウインドウを使用して
「PrimerExplorerV4」ボタンをクリックし、複数のPrimerExplorerを起動させる)
と現在設計中のプライマー情報が消去されてしまいます。
 
   
本ソフトウェアは、Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP)法用のプライマーセットを設計するためのソフトウェアです。

本ソフトウェアは、ターゲットとなる塩基配列から各種条件に適合したプライマーを選択することにより、プライマーセットを生成します。 一組のプライマーセットは、FIP(Forward Inner Primer)、F3、BIP(Backward Inner Primer)、B3という名称の4種類のプライマーから構成されます。 FIPはプライマーF1cとF2を連結したプライマー、BIPはプライマーB1cとB2を連結したプライマーです。 F1、F2、F3はターゲット塩基配列から選択される長さ20bp程度のプライマーであり、B1,B2,B3はターゲットの相補鎖から選択される同じく長さ20bp程度のプライマーです。 F1c、B1cはそれぞれF1、B1の相補鎖です。 塩基配列と生成されるプライマーセットの関係を以下に示します。

また本ソフトウェアは、F1cとF2c間、B1とB2間に作成されるループプライマーを設計する機能を備えています。
図:ターゲット配列
使用上の注意
社内もしくは学校内からのご利用でFire Wall等が設定されている環境では、Javaプログラムの転送がうまく行えないことがございます。
動作環境
OS Windows98SE/Me/2000/XP Mac,Linux,Solaris等は未対応
ブラウザ Internet Explorer 5.5/6
ソフトウェア Java Runtime Environment(JRE) 1.4.2_07
推奨環境 本ソフトでは計算を利用者の端末上で行っております関係上、上記のスペックのPCを推奨します。
ネットワーク
による制限
会社内もしくは学校内のLANからのご利用ですと、FireWallによりアプレットの動作を禁止している場合があります。ご利用できない場合はお客様のご利用されているLANのネットワーク管理者に以上の点をお確かめ下さい。
【1】はじめに (動作環境)
【2】各画面の操作通常プライマーの設計ループプライマーの設計
【3】付録
【4】PrimerExplorerV3 主なバージョンアップ内容
【5】LAMP法プライマー設計の手引き PrimerExplorerV3 [PDF(1.7MB)]
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