デフォルトでターゲット配列全領域に対して5’末端方向から3’末端方向へ片寄りなくプライマーを設計・表示できるようになりました。

V2, V3でのプライマーセット設計方法は異なり、プライマーセットの表示結果は下記のようになります。

• PrimerExplorerV2の場合
  （デフォルトのソーティングルール[F2 Position]を選択）
  1つのF2に対して、Limitation（F1c/B1c, F3/B3）で指定した数分だけプライマーセットを生成してから、次のF2に対するプライマーセットを生成しに行きます。
  そのためターゲット配列に対して、プライマーセット群の位置に偏りが生じてしまいます。
  
  
  
• PrimerExplorerV3の場合
  （デフォルトのソーティングルール[None]を選択）
  一方、V3では1つのF2候補に対してプライマーセットを生成できたら、次のF2候補に対するプライマーセットを生成します。
  そのため、ターゲット配列全体に偏りなくプライマーセットを生成できます。
  

設計画面でパラメータを変更した際のパラメータを保存し、次回設計時に再利用できるようになりました。

• "SaveParameter"ボタンを押すことで、
  設計画面上のパラメータセットをローカルの環境に保存できます。
  
  
  
• 保存したファイルは、次回設計時にターゲットファイルと同時に、
  "ユーザー指定パラメータ"としてアップロードすることが可能です。
  

各プライマーの5'端側、中間部位、3'端側へのMutation/Consensus指定が可能となりました。

＜PrimerExplorerV2, V3のMutation/Consensus指定チェックボックスの比較＞
下の図は、V2, V3それぞれにおけるMutation/Consensusを指定するチェックボックスです。

• V2ではF1, F2, F3, B1, B2, B3すべてのプライマーに対して一括で"5'側"、"3'側"のMutation/Consensusを指定していました。
  
  
• 一方、V3では各プライマーの"5'側"、"中間"、"3'側"の計18箇所に対して、別個にMutation/Consensusの指定が可能となりました。
  
  
• 各プライマー18箇所の特異性の高低を利用して増幅の特異性を調整し、野生株、変異株を増幅率で区別するプライマーや共通に増幅検出するプライマーの設計に応用可能となりました。