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PrimerExplorerV3　操作説明
【1】はじめに （動作環境）
【2】各画面の操作（通常プライマーの設計／ループプライマーの設計）
【3】付録
【4】PrimerExplorerV3 主なバージョンアップ内容
【5】LAMP法プライマー設計の手引き PrimerExplorerV3 [PDF（1.7MB）]
2. 各画面の操作（ループプライマーの設計）
通常プライマーの設計 はこちら
1. ターゲット配列ファイル/プライマー情報ファイル指定画面
プライマー設計時に選択プライマー表示画面で作成したプライマー情報ファイルを指定してください。 画面
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2. ループプライマー設計画面

プライマーの生成を行うための操作の基本的な流れはこのようになります。

  1. Range Optionの設定を行います。
  2. [Generate]ボタンを押して、プライマーを生成します。
  3. 表示ページを指定して、[Display]ボタンを押してプライマーの一覧表示を行います。
以下、画面の各構成部品について
　

画面
　
(1) [Generate] プライマーセットの生成を行う。
(2) [Display] プライマーの一覧表示をWebブラウザの別画面として行う。
(3) Show Page 表示するページを指定、1ページに最大100セットのプライマーを表示する。
各パラメーターは、直接数値を入力出来ます。 また、入力エリアの両脇に[-]、[+]のボタンが付いているものは、このボタンを押すことで入力値が+1もしくは-1されます。
Loop Primer Setting
(4) Length ループプライマーの長さの最短、最長
(5) Tm ループプライマーのTm値の最低、最高
(6) Limitations プライマーセットを生成する際の組み合わせ数の上限
LF/LB
LFとLBのセットを作成する際、一つのLF（LB）に組み合わせるLB（LF）の数
Sets
最終的に出力するプライマーセットの数
(7) GC rate(%) GC含量の許容範囲
(8) dG threshold 　
Dimer check
ダイマー形成能（各プライマー間の安定性（dG）がこの値以上のプライマーを候補とする。）
3'stability
3'末端安定性（5'末端の安定性（dG）がこの値以下のプライマーを候補とする。）
(9)
 Reset Parameter パラメタを初期値に戻す。
Primer Setting プライマー設計時に使用した下記のパラメーターを表示します。
(10) Experimental
Conditions		 実験条件
　
oligo[microM]
オリゴ濃度(μM)
　
Na+[mM]
Na+イオン濃度(mM)
　
Mg2+[mM]
Mg2+イオン濃度(mM)
(11) dG threshold
[Kcal/mol]		 dG閾値
　
5'stability
5'末端安定性
　
3'stability
3'末端安定性
　 　
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3. ループプライマー一覧表示画面
生成したループプライマーを100セット毎に一覧表示を行います。

各行が一つ一つのループプライマーセットを意味し、各ループプライマー断片がターゲット上でどの位置に存在しているかをターゲット塩基配列と比較しながら確認できるようになっています。
[Detail]ボタンを押すとチェックボックスにチェックを入れたループプライマーセットの詳細情報を表示します。		 画面
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4. ループプライマー詳細表示画面

一覧表示画面でチェックしたループプライマーの詳細情報を表示します。

各ループプライマーセットについて以下の断片情報を表示しています。

  • LF
  • LB
 画面
　


各ループプライマー断片につき以下の情報を表示しています。

  • プライマー断片名称
  • プライマー断片5'末端のターゲット塩基配列上での位置
  • プライマー断片3'末端のターゲット塩基配列上での位置
  • プライマー断片の長さ
  • プライマー断片のTm値
  • プライマー断片の5'末端安定性(dG)
  • プライマー断片の3'末端安定性(dG)
  • プライマー断片のGC含有率
  • プライマー断片の塩基配列

[Confirm]ボタンを押すと、各プライマーセットの左端にあるチェックボックスをチェックしてあるプライマーセットのみを抽出して詳細情報が表示されます。
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5. 選択ループプライマー表示画面
ループプライマー詳細表示画面で選択されたプライマーを表示します。

[Order]ボタンを押すことで、eGenomeOrderへプライマーの情報を渡します。
選択したループプライマーセットが7つ以上の場合は、6セット単位で情報を渡します。		 画面
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6. ループプライマー発注画面
eGenomeOrederにてプライマーの発注を行います。

eGenomeOrderのIDとパスワードを入力してください。		 画面
【1】はじめに （動作環境）
【2】各画面の操作（通常プライマーの設計／ループプライマーの設計）
【3】付録
【4】PrimerExplorerV3 主なバージョンアップ内容
【5】LAMP法プライマー設計の手引き PrimerExplorerV3 [PDF（1.7MB）]
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