LAMP法 設計支援ソフトウェア:PrimerExplorer Loop-Mediated Isothermal Amplification ホーム
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PrimerExplorerV4 操作説明
【1】はじめに (動作環境)
【2】各画面の操作通常プライマーの設計ループプライマーの設計
【3】付録
【4】LAMP法プライマー設計の手引き PrimerExplorerV5:
[total版:PDF(9.6MB)]
[分割版:PDF/1~12ページ(1.7MB)13~36ページ(3.5MB)37~54ページ(3.2MB)55~62ページ(387KB)]

PrimerExplorerの動作環境・注意事項
本ソフトウェアをご使用になる際には、
WebブラウザのJava Scriptの機能をONにしてください。


TOPぺージの「PrimerExplorer V5」ボタンをクリックした後に表示される「PrimerExplorerV5操作説明」ページ上で、「戻る」をクリックして戻り「PrimerExplorer V4」または「PrimerExplorer V5」ボタンをクリックすると、プライマー設計中の画面がクリアされます。
同時にソフトウェアを利用される場合は、新しくブラウザを起動いただきご利用ください。
 
   
本ソフトウェアは、Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP)法用のプライマーセットを設計するためのソフトウェアです。

本ソフトウェアは、ターゲットとなる塩基配列から各種条件に適合したプライマーを選択することにより、プライマーセットを生成します。 一組のプライマーセットは、FIP(Forward Inner Primer)、F3、BIP(Backward Inner Primer)、B3という名称の4種類のプライマーから構成されます。 FIPはプライマーF1cとF2を連結したプライマー、BIPはプライマーB1cとB2を連結したプライマーです。 F1、F2、F3はターゲット塩基配列から選択される長さ20bp程度のプライマーであり、B1,B2,B3はターゲットの相補鎖から選択される同じく長さ20bp程度のプライマーです。 F1c、B1cはそれぞれF1、B1の相補鎖です。 塩基配列と生成されるプライマーセットの関係を以下に示します。

また本ソフトウェアは、F1cとF2c間、B1とB2間に作成されるループプライマーを設計する機能を備えています。
図:ターゲット配列
動作環境
検証済み動作環境 ケース1
OS Windows 7 / 8.1/ 10
ブラウザ Internet Explorer 10 / 11

検証済み動作環境 ケース2
OS Mac OS X 10.8.2
ブラウザ Safari 6.0.1

推奨環境 上記環境を推奨します。
ブラウザは、Javascriptの機能をオンにしてご利用ください。
また、ポップアップブロックを有効にしている場合は、primerexplorer.jpサイトでのポップアップを許可するように設定をお願い致します。
ネットワーク
による制限
会社内もしくは学校内のLANからのご利用ですと、FireWallによりprimerexplorer.jpとの通信が制限されている場合があります。
ご利用できない場合はお客様のご利用されているLANのネットワーク管理者に以上の点をお確かめ下さい。
【1】はじめに (動作環境)
【2】各画面の操作通常プライマーの設計ループプライマーの設計
【3】付録
【4】LAMP法プライマー設計の手引き PrimerExplorerV5
[total版:PDF(9.6MB)]
[分割版:PDF/1~12ページ(1.7MB)13~36ページ(3.5MB)37~54ページ(3.2MB)55~62ページ(387KB)]

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