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PrimerExplorerV5 操作説明
【1】はじめに (動作環境)
【2】各画面の操作通常プライマーの設計/ループプライマーの設計)
【3】付録
【4】LAMP法プライマー設計の手引き PrimerExplorerV5:
[total版:PDF(9.6MB)]
[分割版:PDF/1~12ページ(1.7MB)13~36ページ(3.5MB)37~54ページ(3.2MB)55~62ページ(387KB)]
2. 各画面の操作(ループプライマーの設計)
通常プライマーの設計 はこちら
1. ターゲット塩基配列ファイル/プライマー情報ファイル指定画面
ループプライマーセット生成を行うためのプライマー情報をファイルから読み込ませます。 画面


[参照...]ボタンを押し、選択プライマー確認画面で保存されたプライマー情報ファイルをご指定ください。
またここでは、パラメータセットは選択出来ません。

プライマー情報ファイルを選択し、[プライマー設計]ボタンを押すと、簡易設計画面に遷移します。
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2. ループプライマー設計画面

プライマー生成を行うための操作の基本的な流れはこのようになります。

  1. [Generate]ボタンを押して、プライマーを生成します。
  2. [Display]ボタンを押して、プライマーの一覧表示を行います。
2-1. 簡易設計画面
   以下、画面の各構成部品について
画面
ターゲット配列表示エリア
  塩基は大文字で表記します。
メッセージ表示エリア
  設計の結果や、エラーメッセージなどを表示します。
(1) [Generate] プライマーセットの生成を行います。
(2) [Display] プライマーの一覧表示画面をWebブラウザの別画面で表示します。
(3) Page 別画面に表示するプライマー一覧のベージを指定します。
(4) [Detail Settings] 詳細設計画面に遷移します。
 
2-2. 詳細設計画面
   以下、画面の各構成部品について
画面
ターゲット配列表示エリア
  塩基は大文字で表記します。
メッセージ表示エリア
  設計の結果や、エラーメッセージなどを表示します。
(1) [Generate] プライマーセットの生成を行います。
(2) [Display] プライマーの一覧表示画面をWebブラウザの別画面で表示します。
(3) Page 別画面に表示するプライマー一覧のページを指定します。
(4) [Basic Designing] 簡易設計画面に遷移します。
(5) [Reset Parameter] パラメータを初期値に戻します。

各パラメータは、直接数値を入力できます。また、入力エリアの右側にスピンボタン("▲""▼")がついているものは、このボタンを押すことで入力値が+1、または-1できます。
(6) Length プライマーの長さの最短、最長。
(7) Tm プライマーのTm値の最低、最高。
(8) GC rate(%) GC含量の許容範囲。
(9) dG threshold[Kcal/mol]  
 
3'stability
3'末端安定性(5'末端の安定性(dG)がこの値以下のプライマーを候補とします。)。
 
Dimer check
ダイマー形成能(各プライマー間の安定性(dG)がこの値以上のプライマーを候補とします。)。
(10) Limitations プライマーセットを生成する際の組み合わせ数の上限。
 
LF/LB
LFとLBのセットを作成する際、一つのLF(LB)に組み合わせるLB(LF)の数。
[Regular primer]
(11) dG threshold
[Kcal/mol]
dG閾値。
 
5'stability
5'末端安定性。
 
3'stability
3'末端安定性。
 
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3. ループプライマー一覧表示画面
生成したプライマーを100セット毎に一覧表示を行います。

各行が一つ一つのループプライマーセットを意味し、各ループプライマー断片がターゲット上でどの位置に存在しているかをターゲット塩基配列と比較しながら確認できるようになっています。
画面
 
[Confirm]ボタンを押すと、チェックボックスにチェックを入れたループプライマーセットの詳細確認画面がWebブラウザの別画面で表示されます。
[Save List]ボタンを押すと、現在表示中のループプライマー一覧がExcel形式ファイルとして保存されます。
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4. 選択ループプライマー確認画面

一覧表示画面で選択されたプライマーの詳細表示を行います。

各ループプライマーセットについて以下の断片情報を表示しています。

  • LF
  • LB
画面
 


各ループプライマー断片につき以下の情報を表示しています。

  • プライマー断片名称
  • プライマー断片5'末端のターゲット塩基配列上での位置
  • プライマー断片3'末端のターゲット塩基配列上での位置
  • プライマー断片の長さ
  • プライマー断片のTm値
  • プライマー断片の5'末端安定性(dG)
  • プライマー断片の3'末端安定性(dG)
  • プライマー断片のGC含有率
  • プライマー断片の塩基配列

[Order]ボタンを押すと、確認メッセージが表示されます。そこでOKを指定すると、選択されたプライマーセット(上限6セット)の発注画面がWebブラウザの別画面で表示されます。
[Save]ボタンを押すと、画面に表示されているレイアウトのプライマー情報がExcel形式ファイルとして保存されます。

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5. ループプライマー発注画面
eGenomeOrederにてプライマーの発注を行います。

eGenomeOrderのIDとパスワードを入力してください。
画面
【1】はじめに (動作環境)
【2】各画面の操作通常プライマーの設計/ループプライマーの設計)
【3】付録
【4】LAMP法プライマー設計の手引き PrimerExplorerV5:
[total版:PDF(9.6MB)]
[分割版:PDF/1~12ページ(1.7MB)13~36ページ(3.5MB)37~54ページ(3.2MB)55~62ページ(387KB)]
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