| ターゲット配列表示エリア |
| |
 |
塩基は基本的に大文字で表記します。 |
|
| |
|
マルチプルアライメントデータで欠損部位がある場合は、その部位の前後の塩基が小文字表記になります。 |
|
| |
|
コンセンサス情報について‘-’は突然変異、‘.’は欠損を含む突然変異を表します。 |
|
| メッセージ表示エリア |
|
現在の設計の進行状況等が表示されます。 |
| (1) |
Select Range |
ターゲットレンジ指定の取り扱い（ターゲットレンジについて）。 |
| |
|
Ignore Range |
|
ターゲットレンジ指定を無効にします。 |
| |
|
Within F2-B2 |
|
ターゲットレンジがF2-B2間（F2、B2自身を含む）の範囲に含まれます。 |
| |
|
Bitween F1c-B1c |
|
ターゲットレンジがF1c-B1c間（F1c、B1c自身を含まない）の範囲に含まれます。 |
| |
|
Targeting Range |
|
開始位置、終了位置を指定します。 |
| (2) |
[Generate] |
プライマーセットの生成を行います。 |
| (3) |
[Display] |
プライマーの一覧表示画面をWebブラウザの別画面で表示します。 |
| (4) |
Show Page |
別画面に表示するプライマー一覧のページを指定します。 |
| (5) |
Sorting Rule |
プライマーセットの出力順序を指定します。 |
| |
|
Dimer |
|
ダイマー安定性、ダイマー形成能が低い順。 |
| |
|
F2 5'position |
|
プライマー位置、F2の5'末端の位置がターゲットの5'末端に近い順。 |
| |
|
F2-B2 range |
|
増幅領域長、F2-B2間の領域（プライマー自身を含む）が短い順。 |
| |
|
Mutation(S)
[ascendant order] |
|
突然変異部位を含むプライマーが少ない順。 |
| |
|
Mutation(S)
[descendent order] |
|
突然変異部位を含むプライマーが多い順。 |
| |
|
5'/3' edge stability |
|
末端安定性の低い順。 |
| |
|
Randam |
|
順不同。 |
| |
|
None |
|
生成順。 |
| |
|
Eazy |
|
簡易設計時と同じ方法で生成したプライマーを表示します。（表示件数の制限はなし）
sorting rule [None]で生成された1サイクル目のPrimersetを、10baseごとにF2 5'の位置でグルーピングを行い、そのグループメンバー数が多い順のグループの代表PrimerSetを表示するルールです。（プ ライマーセットの生成数とプライマー一覧画面で表示される件数は一致しません。） |
| (6) |
[Basic Designing] |
簡易設計画面に遷移します。 |
| (7) |
Set Mutation |
本ソフトウェアでは突然変異部位と指定した領域を避けてプライマー候補を生成します。
塩基配列をマウスで選択し、[Mut/Cons]ボタンをクリックすると、配列の下の[*]表示が[-]に変わります。その[-]の領域が突然変異部分と認識されます。
[Clear]ボタンで初期状態に戻ります。 |
| (8) |
Fixed Primer |
あらかじめ任意のプライマー位置を指定し候補を生成します。
塩基配列をマウスで選択し、ボタンをクリックすると、プライマー指定位置が表示されます。 |
| (9) |
[Save Target] |
画面上のターゲット配列や、それに付随する情報を、ファイルとして保存します。
保存されたターゲット配列情報を使用して、再設計を行うことが出来ます。 |
| (10) |
Design Option |
共通プライマー／特異プライマーが設計出来るような条件を自動的にセットします。 |
| |
|
Default |
|
通常プライマー設計。
指定すると、設定は全てクリアされ、使用不可になっているチェックボックスは使用可能になります。 |
| |
|
Common |
|
共通プライマー設計。
指定すると、Mutation/Consensusの許容の設定が自動的に行われます。F1c inner、B1c inner以下のチェックボックスにチェックが入りますが、利用者によってそのチェックボックスの状態を変更するこ とが可能です。 |
| |
|
Specific |
|
特異プライマー設計。
指定すると、Mutation/Consensusの許容の設定が自動的に行われます。全てのチェックボックスにチェックが入り、チェックボックスは使用不可となります。実際にGenerateを行い、プライマー一覧画面 で結果を表示すると、F1c 5'term、B1c 5'term、F2 3'term、B2 3'termに変異が含まれているプライマーセットのみが表示されます。 |
| (11) |
Parameter Condition |
パラメータセットを切り替えます。 |
| |
|
Normal |
|
通常用のパラメータセット。 |
| |
|
AT rich |
|
ATリッチ用のパラメータセット。 |
| |
|
GC rich |
|
GCリッチ用のパラメータセット。 |
| |
|
Custom |
|
ユーザ指定のパラメータセット。
この項目は、ターゲット塩基配列ファイル指定画面でパラメータファイルを指定した場合にのみ現れます。 |
| (12) |
[Save Parameter] |
画面上のパラメータセットを、ファイルとして保存します。
保存されたパラメータセットを使用して、条件再設定を行うことが出来ます。 |
| (13) |
[Reset Parameter] |
パラメータを初期値に戻します。 |
各パラメータは、直接数値を入力出来ます。 また、入力エリアの右脇に[-]、[+]のボタンが付いているものは、このボタンを押すことで入力値が+1もしくは-1されます。
|
| (14) |
Length |
プライマーの長さの最短、最長。 |
| (15) |
Tm |
プライマーのTm値の最低、最高。 |
| (16) |
GC rate(%) |
GC含量の許容範囲。 |
| (17) |
dG threshold[Kcal/mol] |
dG閾値。 |
| |
|
5'stability |
|
5'末端安定性（5'末端の安定性（dG）がこの値以下のプライマーを候補とします。）。 |
| |
|
3'stability |
|
3'末端安定性（5'末端の安定性（dG）がこの値以下のプライマーを候補とします。）。 |
| |
|
Dimer check |
|
ダイマー形成能（各プライマー間の安定性（dG）がこの値以上のプライマーを候補とします。）。 |
| (18) |
Distances |
プライマー間距離の最短、最長（位置関係について）。 |
| |
|
(F2-B2) |
|
F2-B2間距離（プライマー自身を含む）、増幅領域長。 |
| |
|
Loop(F1c-F2) |
|
F1c-F2間距離（F2のみ含む）、ループ長、B1c-B2間にも適用されます。 |
| |
|
F2-F3 |
|
F2-F3間距離（プライマー自身を含まない）、B2-B3間にも適用されます。 |
| |
|
F1c-B1c |
|
F1c-B1c間距離（プライマー自身を含まない）。 |
| (19) |
Limitations |
プライマーセットを生成する際の組み合わせ数の上限。 |
| |
|
F1c/B1c |
|
FIP（BIP）を生成する際に、一つのF2（B2）に組み合わせるF1c（B1c）の数。 |
| |
|
F2/B2 |
|
FIP（BIP）を生成する際に、一つのF1c（B1c）に組み合わせるF2（B2）の数。 |
| |
|
F3/B3 |
|
一組のFIP/BIPのセットに対して選択されるF3/B3（Outer Primer）の数。 |
| |
|
Sets |
|
最終的に出力するプライマーセットの数。 |
| (20) |
Mutation/Consensus |
通常は突然変異部位がプライマー位置にかからないようにプライマー候補を生成するが、このチェックを入れると、突然変異部位がプライマー候補の5’端もしくは3’端にある場合 、許容します。 |
