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本ソフトウェアは、Loop-mediated Isothermal Amplification
(LAMP)法用のプライマーセットを設計するためのソフトウェアです。
本ソフトウェアは、ターゲットとなる塩基配列から各種条件に適合したプライマーを選択することにより、プライマーセットを生成します。 一組のプライマーセットは、FIP(Forward
Inner Primer)、F3、BIP(Backward Inner Primer)、B3という名称の4種類のプライマーから構成されます。
FIPはプライマーF1cとF2を連結したプライマー、BIPはプライマーB1cとB2を連結したプライマーです。 F1、F2、F3はターゲット塩基配列から選択される長さ20bp程度のプライマーであり、B1,B2,B3はターゲットの相補鎖から選択される同じく長さ20bp程度のプライマーです。
F1c、B1cはそれぞれF1、B1の相補鎖です。 塩基配列と生成されるプライマーセットの関係を以下に示します。
また本ソフトウェアは、F1cとF2c間、B1とB2間に作成されるループプライマーを設計する機能を備えています。 |